情報システム・ソフトウェア取引高度化コンソーシアム編「情報システム・ソフトウェア取引トラブル事例集」によると、情報システム・ソフトウェア開発取引において発生したトラブルの主な原因は、以下の3つに分類できます。

　一般に契約は、その契約の効果を生じさせる意思の合致があれば成立します。しかし、システム開発契約においては、当事者間においてどの段階で、そのような意思の合致が生じているのか明らかでない場合が少なくありません。そのようなとき、システム開発のための作業を先行して進めていたベンダーが契約成立を主張して報酬の支払いを請求するのに対し、ユーザーが契約の成立を否認して、報酬の支払いを拒絶するということがしばしば起きます。

　裁判例においては、契約の成立の有無について、関係する書面のやり取りその他の行動や開発対象の確定度合から、システム契約の交渉過程において、契約交渉当事者が、契約の効果を生じさせる意思の合致があったといえる段階に至っていたかを判断されています。もっとも、ひとえにシステム開発といっても、大規模な業務システム開発のように複雑なものから、既存ソフトウェアのカスタマイズのような簡易なものまで様々ですので、必要とされる開発対象の確定度合も異なってきます。

　一般に、システム開発契約において、その契約成立の有無の判断ポイントとしては、システム開発の性質や規模、ユーザーとベンダーの関係等から、当該システム開発契約の当事者間において、契約の効果を生じさせるにあたり、どのような契約交渉手順を予定していたかを考慮し、その交渉過程での関係する書面のやり取り、その他の行動や開発対象や報酬等の契約条件の確定度合を検討すべきこととなります。

　契約の成立が否定された場合であっても、ユーザーの要請でベンダーが相当量の作業を行っていたような場合、ベンダー企業が一切救済されないとすることが公平に反することもあります。

このような場面、「契約締結上の過失の理論」や段階的な有償の準委任契約（商法５１２条）に基づく報酬請求権が認められることがあります。

ここで、「契約締結上の過失の理論」とは、契約の準備段階に入った当事者は、相手方当事者の財産等を害しない信義則上の義務を負い、この義務に違反して相手方に損害を発生させた場合には、これを賠償しなければならないとする法理のことをいいます。

　システム開発契約においては、いったん機能要件や仕様が確定し後であっても、仕様の変更が必要となることがあります。仕様変更に際し、その変更の範囲と追加報酬を明確に定めないことも多く、変更された仕様に基づく作業が完了した後に、追加の報酬請求権が発生するかどうかで争いになることがあります。

　追加作業の発生が明らかになったというだけでは、直ちにユーザーに追加報酬の支払い義務が発生するとはいえません。ユーザーにおいて追加報酬の支払いを伴うべき追加作業であることを認識すべき段階に至っていながら、追加作業を進めることを承認したような場合に初めて、追加報酬の支払い義務を負うこととなると考えられます。